Elle disait qu’elle appréciait tous ses cours, même ceux qui lui causaient des difficultés comme par exemple la philo.

Ce n’est pas un bon exemple à suivre. Pas la philo, l’utilisation de la tournure « comme par exemple ». En fait, « comme » et « par exemple » sont presque synonymes, ce qui fait que cette tournure devient pléonastique. On aurait pu se contenter de :

Elle disait qu’elle appréciait tous ses cours, même ceux qui lui causaient des difficultés, par exemple (dont) la philo.

Il ne faut pas confondre « comme » et « dont ».  Comparons ces deux phrases :

Elle aimait beaucoup les cours comme la philo.

Elle aimait beaucoup les cours, dont la philo.

Il y a nuance. Dans le premier cas, la personne aime les cours qui ressemblent au cours de philo (à l’image de). Dans le second cas, elle aime les cours et parmi ceux-ci, il y a le cours de philo.